На сегодняшний день федеральные целевые программы, Федеральная адресная инвестиционная программа являются основным, действующим программно-целевым инструментом осуществления государственной социально-экономической политики, предусматривающим достижение целей и приоритетных направлений развития страны.

На протяжении последних лет активно осуществляются реформы, направленные на совершенствование федеративных отношений, повышение эффективности государственного управления, в части модернизации программно-целевого метода управления, внедрения системы бюджетирования, ориентированного на результат, предусматривающего переход от «планирования ресурсов» к «планированию результатов».

Для большинства федеральных целевых программ установлены целевые индикаторы и показатели реализации, введена ежеквартальная отчетность государственных заказчиков программ.

Расширена сфера применения и повышено качество программно-целевых методов за счет модернизации методологии разработки и реализации федеральных целевых программ и подготовки механизма использования в бюджетном процессе ведомственных целевых программ.

Оптимизирована структура федеральных целевых программ и подпрограмм, многие программы сокращены, что в итоге позволило сконцентрировать выделяемые средства на решении приоритетных задач.

В настоящее время реализация федеральных целевых программ направлена в основном на развитие производственной и социальной инфраструктуры, активизацию инструментов стимулирования инвестиционной и инновационной активности, поддержку субъектов Российской Федерации, обеспечение внутренней и внешней безопасности.

В тоже время, несмотря на достигнутые результаты и обозначенные приоритеты, федеральные целевые программы, ФАИП как инструмент реализации государственной социально-экономической политики все еще остаются не достаточно эффективными, и имеют серьезные изъяны.

Не удалось, в полной мере, сформировать ФЦП в качестве полноценного инструмента концентрации ресурсов на приоритетных направлениях развития. ФЦП во многом еще остаются инструментом дополнительного финансирования текущей деятельности органов государственной власти.

Существующие ФЦП не учитывают результаты реформы федеративных отношений, в рамках которой передан на региональный и местный уровни существенный объем полномочий по обеспечению объектов социальной и транспортной инфраструктуры.

До настоящего времени в отдельных программах не установлены целевые индикаторы и показатели, позволяющие анализировать ход реализации программ.

Проводимая ежегодно корректировка действующих и принятие новых федеральных целевых программ приводит к тому, что начатые в предшествующие годы объекты, в том числе необходимые для исполнения собственных полномочий субъектами РФ, часто не включаются в ФАИП. В результате выделяемые государственные средства распыляются и не достигают необходимого эффекта.

Установленные сроки ввода объектов в эксплуатацию не соблюдаются, что обуславливает значительный рост объемов незавершенного строительства.

Процедура формирования перечня строек и объектов Федеральной адресной инвестиционной программы до сих пор остается непрозрачной. В связи с этим, субъекты РФ сталкиваются со значительными проблемами при включении строек и объектов для их финансирования в рамках ФАИП. Не малая часть соответствующих предложений безосновательно отклоняется, а итоговые решения по утверждению перечней строек и объектов принимаются без учета позиции регионов.

Согласование перечня объектов для финансирования из ФАИП забюрократизировано и усложнено, что не обеспечивает полноценного учета мнений субъектов РФ, и не способствует эффективному исполнению переданных им полномочий. Сроки ввода объектов в эксплуатацию не соблюдаются, что обуславливает значительный рост объемов незавершенного строительства. В ряде случаев начатые в предшествующие годы объекты не включаются в Федеральную адресную инвестиционную программу, и не понятно по каким причинам.