Важно отметить, что Закон №94-ФЗ не наделил полномочиями государственного заказчика главных распорядителей средств федерального бюджета, не являющихся органами государственной власти РФ (таких, как РАН и иные академии, Большой театр и т.п.). Закон неправомерно исключил этих главных распорядителей средств федерального бюджета из своей сферы действия, несмотря на то, что они используют бюджетные средства для оплаты поставок товаров, выполненных для них работ, оказанных им услуг.

В настоящее время предпринимаются меры по исправлению такого положения путем закрепления соответствующих норм и положений в новой редакции БК РФ.

Отдельным вопросом является предусмотренная Законом №94-ФЗ возможность передачи органами государственной власти или органами местного самоуправления полномочий государственного (муниципального) заказчика получателям бюджетных средств. К сожалению, не определен механизм передачи таких полномочий. Подобная недоработка Закона №94-ФЗ приведет к разного рода коллизиям при его правоприменении. В этих условиях одни получатели средств федерального бюджета заключают государственные контракты, не имея на это полномочий, и тем самым создают основания для признания судом этих контрактов недействительными со всеми вытекающими из этого негативными последствиями для федерального бюджета, другие же получатели занимают выжидательную позицию, в лучшем случае шлют в разные инстанции обращения с целью получения каких-то разъяснений.

При этом как первые, так и вторые ставят под угрозу исполнение расходов федерального бюджета, предусмотренных в 2007 г. на размещение и исполнение заказов на поставку товаров, выполнение работ и оказание услуг.

В этих условиях, важной задачей главных распорядителей бюджетных средств федерального бюджета является срочное решение вопросов передачи полномочий государственного заказчика подведомственным получателям средств федерального бюджета. Причем необходимо исходить из того факта, что Закон №94-ФЗ предоставил главному распорядителю средств федерального бюджета широкие полномочия по формированию закупочной политики возглавляемого им ведомства.

Главный распорядитель может централизовать в своих руках размещение всех заказов, как для своего ведомства, так и для всех подведомственных ему получателей бюджетных средств. Это будет одна крайность. Он может, наоборот, децентрализовать этот процесс путем передачи всех полномочий государственного заказчика подведомственным получателям бюджетных средств. И это будет другая крайность.

Нормальной политикой будет, вероятно, что-то среднее между этими крайностями. При этом необходимо учитывать, что передача полномочий государственного заказчика подведомственным получателям бюджетных средств не освобождает главного распорядителя и распорядителя средств федерального бюджета от ответственности за выполнение этими получателями всех требований Закона №94-ФЗ.

Еще одной важной особенностью Закона №94-ФЗ является установление им права государственного заказчика на самостоятельное принятие решения о форме торгов. При ее выборе для единообразного применения Закона №94-ФЗ необходимы соответствующие методические руководства. К сожалению, до настоящего времени они отсутствуют.Также необходимо отметить, что на органы Федерального казначейства не возлагаются полномочия по контролю за соблюдением законодательства в области размещения заказа от имени РФ. Федеральное казначейство лишь санкционирует оплату денежных обязательств, возникших вследствие выполнения условий заключенного договора (контракта).