Ответом на существовавшие проблемы стало одобрение в 1998 году российским правительством "Концепции реформирования межбюджетных отношений в Российской Федерации в 1999-2001 годах", положившей начало третьему этапу (1998-2001 годы) развития межбюджетных отношений. Она стала первой в России официальной программой реформирования бюджетных отношений властей разных уровней.

В результате реализации Концепции принципиальным образом была изменена методика распределения средств Фонда финансовой поддержки регионов, благодаря чему удалось повысить объективность этого вида финансовой помощи. За счет создания Фонда компенсаций начала решаться проблема "нефинансируемых федеральных мандатов". Образование Фонда регионального развития и Фонда развития региональных финансов привело к дальнейшей диверсификации финансовой помощи [12].

В области законодательства были приняты и начали действовать Налоговый и Бюджетный кодексы. Но поскольку Бюджетный кодекс разрабатывался и принимался в ходе активно проводимой реформы межбюджетных отношений, в нем нашли отражение лишь самые общие их принципы, и сколько-нибудь значимого влияния на развитие межбюджетных отношений он не оказал.

Таким образом, при всех позитивных сдвигах в системе межбюджетных отношений в результате реформы 1998-2001 годов остался целый ряд нерешенных проблем - отсутствие подлинной самостоятельности региональных бюджетов вследствие их зависимости (более чем на 80%) от федеральных налогов, чрезвычайно высокая степень регламентации расходов нижестоящих бюджетов федеральным законодательством. В этот же период времени был принят ряд решений, ограничивающий полномочия региональных и местных властей в налоговой сфере. Отсутствие легальных полномочий региональные власти стремились компенсировать полномочиями нелегальными, создавая разного рода внебюджетные фонды, перекладывая ответственность за ситуацию в регионах на федеральные органы власти. По-прежнему высокой оставалась роль неформальных взаимоотношений федерации и регионов, реформа так и не затронула взаимоотношения региональных и местных бюджетов.

Решением этих проблем стала разработка и утверждение новой программы реформ - в августе 2001 года появилось постановление Правительства Российской Федерации "О программе развития бюджетного федерализма в Российской Федерации на период до 2005 года", ознаменовавшего начало четвертого этапа развития межбюджетных отношений. Впервые реформа бюджетного федерализма затрагивала проблемы формирования местных бюджетов. Ведение казначейской системы исполнения бюджета привело к усилению контроля за целевым использованием средств [13]. Но по-прежнему остается нерешенным рад важных задач. Так, изменения в налоговом и бюджетном законодательстве привели к снижению уровня доходов в территориальных бюджетах, например, с 2000-2005 годы в местных бюджетах - с 72% до 45,5%, что свидетельствует о повышении их зависимости от бюджетов вышестоящего уровня. Происходит дальнейшее увеличение бюджетного дефицита. С 2001 года в региональных бюджетах возникло превышение расходов над доходами на 3,8 пункта, а за 2005 год оно составило уже 6 пунктов [37, с. 11]. Кроме того, выделяемые из федерального бюджета трансферты не только не способствовали повышению благосостояния инвестиционного климата, но и привели к утаиванию субъектами доходов и предоставлению необоснованных льгот по уплате налогов, увеличению количества получателей трансфертов. Поэтому актуальной стала проблема повышения эффективности этих отношений, задача решения которой поставлена в разработанной в Министерстве финансов России и одобренной Правительством Российской Федерации "Концепции повышения эффективности межбюджетных отношений и качества управления государственными и муниципальными финансами в 2006-2008 годах".

Теперь более подробно рассмотрим как именно происходит организация взаимоотношений регионального и местного бюджетов на современном этапе.