В настоящее время идет широкомасштабная реформа взаимоотношений Центра и регионов, затрагивающаяся политические, экономические, бюджетные аспекты. И она опирается не только на теорию, зарубежный опыт, но и уже более чем десятилетнюю российскую практику становления бюджетного федерализма и региональной политики.

В развитии межбюджетных отношений можно выделить четыре этапа. После распада Советского Союза в 1991году Россия унаследовала бюджетную систему формально федеративного, а в действительности унитарного высокоцентрализованного государства, в котором региональные и местные власти не имели значимой бюджетной самостоятельности. Она не обеспечивала эффективного предоставления бюджетных услуг и общей сбалансированности бюджетной системы, поскольку на региональном и местном уровнях отсутствовали стимулы к рациональному использованию бюджетных средств, а бюджетный дефицит и ответственность за его покрытие фактически перекладывались на вышестоящие бюджеты. Поэтому на первом этапе, в 1991-1993 годы, был принят целый ряд законов, определивших основные принципы новой российской бюджетной системы. Произошедшая в начале 1990-х годов "стихийная децентрализация" бюджетных ресурсов, предлагающая ускоренное формирование свободного рынка при равенстве условий для всех субъектов хозяйствования, свела к минимуму региональный аспект государственной экономической политики. Регион рассматривался как "своеобразная огромная и многопрофильная компания, конкурирующая с другими регионами не только в производственном аспекте, но и по условиям в хозяйственной деятельности". Такие просчеты в бюджетно-налоговой политике повлияли на обострение противоречий интересов всех уровней власти. Экономический кризис, охвативший регионы, повлек существенное снижение налоговых поступлений, и федеральные органы власти, с целью смягчения финансового бремени, начали процесс передачи части расходных полномочий федерального бюджета на региональный уровень, что отразилось в увеличении доли расходов бюджетов субъектов в консолидированном бюджете Российской Федерации.

В итоге реформы, принятые в 1991-1993 годах федеральные законы, в полной мере не были реализованы, а развитие межбюджетных отношений вышло за рамки законодательного регулирования и происходило под определяющим влиянием политической конъюнктуры, конфликтов и компромиссов между центром и регионами. Степень бюджетной самостоятельности региональных властей оставалась весьма ограниченной. Единственный показатель, на который они могли оказать влияние, - расходы региональных бюджетов, удельный вес которых в консолидированном бюджете Федерации к 1993 году составил 40,3 %.

На региональном уровне воспроизводились те же принципы реализации межбюджетных отношений с той лишь разницей, что отчисления от налогов, распределяемых на долевой основе, и дотации поступали не из федерального, а из регионального бюджета. Такая система межбюджетных отношений не стимулировала местные органы к наращиванию налогового потенциала и сокращению нерациональных расходов, так как дополнительные доходы или экономия у них изымались путем изменения нормативов отчислений от регулирующих налогов.

Решение проблемы государство видело в формировании и реализации алгоритма распределения ресурсов между федеральным центром и субъектами, что положило начало превращению прежней системы директивного распределения в систему эксклюзивного перераспределения ресурсов между регионами [46, c. 20].

Начало второго этапа (1994-1995 годы) развития межбюджетных отношений ознаменовалось первой крупной реформой в этой сфере. Начиная со 2 квартала 1994 года отказались от индивидуальных для каждого субъекта Федерации правил разделения налогов между федеральным и региональными бюджетами, появился Федеральный фонд финансовой поддержки субъектов Российской Федерации (или Фонд финансовой поддержки регионов), распределение средств которого стало осуществляться на основе специальной формулы.

В соответствии с указами Президента региональные власти получили право самостоятельно определять ставку налога на прибыль в части, поступающей в региональные бюджеты (был ограничен максимальный размер ставки); региональные и местные власти получили право вводить собственные налоги [11]. Но это решение, привело к негативным последствиям, и с начала 1997 года было отменено.

По прежнему продолжала сохраняться высокая роль неформальных отношений между Центром и регионами, чему способствовало в том числе и несовершенство методики распределение средств Фонда финансовой поддержки регионов, неопределенность в разграничении расходных полномочий между бюджетами разных уровней. В этот же период проявилась и проблема "нефинансируемых федеральных мандатов" - обязательств, возложенных на региональные и местные бюджеты федеральным законодательством, но не обеспеченных соответствующими доходными источниками. Реформа межбюджетных отношений практически не затронула местные бюджеты, оставалась несформированной законодательная база межбюджетных отношений. Доминирующую роль играли ежегодные законы о федеральном бюджете, что создавало условия для ежегодного пересмотра межбюджетных отношений. В 1996 - 1998 годах вновь стал усиливаться субъективизм в межбюджетных отношениях, региональные финансы оказались в глубоком кризисе, резко выросли долги региональных и местных бюджетов.