При условии передачи КЛС не по всем видам налогов и наличии в них недоимки, показатель недоимка в отчете искусственно увеличивается. Погашение недоимки по платежам по необоснованно ведущимся в территориальных инспекциях КЛС возможно только в силу мер принудительного взыскания задолженности, хотя на данную отчетную дату у головного предприятия может быть переплата.

Для проведения зачета недоимки в счет имеющейся переплаты необходимо делать запрос в МИ КН с просьбой выписать заключение. И наоборот, для проведения зачета или возврата переплаты МИ КН необходимо делать запрос в ИФНС по месту нахождения плательщика о наличии задолженности, а это время на прохождение и исполнение запроса.

Длительная переписка приводит к не соблюдению законодательно установленного срока проведения возврата, и как следствие, начислению процентов за каждый день просрочки. Кроме того, зачастую запросы о представлении информации о наличии задолженности МИ КН не направляются и возврат наверняка производится без учета сведений о состоянии недоимки по налогам, карточки лицевого счета по которым ведутся в Инспекциях по месту нахождения плательщика.

Кроме того, МИ КН составляет отчет только по тому перечню налогов и той группе обособленных подразделений администрирование которых осуществляет. В свою очередь налоговые органы по месту нахождения крупнейшего плательщика осуществляют составление отчета по перечню налогов, по которым в них в настоящее время продолжается ведение карточек лицевых счетов. Однако, не имея информации о том, какие плательщики и по каким налогам состоят на учете в МИ, по КН налоговые органы по месту нахождения плательщика не имеют возможность провести анализ обоснованности включения данных КЛС в отчет. В связи с чем, высока вероятность дублирования отчетных данных как по поступившим суммам, так и по суммам начислений, если плательщик представляет налоговую декларацию в 2 экземплярах одновременно в оба налоговых органа. По данной причине возможно задвоение начисленных сумм в отчете. В итоге отчеты не дают реальной картины и их использование при прогнозировании налогов и сборов в тот же территориальный бюджет. Считаю, что в отчетах должны выделяться показатели по крупнейшим налогоплательщикам, состоящим на учете в МИ КН.

Письмом УФНС № ФС-6-11/1457@ от 20.09.02 установлены сроки составления и подписания протоколов передачи задания по налогам в части федерального бюджета - в течение 10 дней со дня передачи лицевых счетов. Однако ни одним нормативным актом УФНС не утверждена методика их составления не только по видам налогов, но и в целом. В результате отсутствия унифицированной методики расчета передающей и принимающей задание сторонам зачастую трудно достичь согласия относительно передаваемых объемов. Позиция УФНС по ХМАО такова, что передаче должны подлежать объемы рассчитанные исходя из данных о налоговой базе предприятия с учетом коэффициента собираемости закладываемого УФНС при расчете прогнозных показателей. Позиция МИ по КН - принятию подлежит объем предполагаемых поступлений за вычетом переплат возможных к зачету. В итоге согласование задания может затянуться на несколько месяцев. [21]

Поскольку передача предприятий в любую из МИ по КН фактически произведена не по полному перечню налогов и не по всем обособленным структурным подразделениям, то и передача задания по мобилизации так же производится не в полном объеме. В МИ КН №1 в большинстве случаев передаются только налог на прибыль, НДС, акцизы на нефтепродукты, НДПИ, только по головному предприятию. База по иным платежам (задолженность по плате за добычу, акцизам на углеводородное сырье) в протоколы передачи заданий не включается.

Можно привести два примера: при согласовании протоколов передачи задания с МИ по КН №2 по ООО Тюменьтрансгаз сумма передаваемого задания по НДС в апреле 2008 года составила 273,5 млн. руб., фактически по состоянию на 23.04.2008 поступило 332,5 млн. руб., по ООО Сургутгазпром сумма передаваемого задания по НДС в апреле 2008 года составила 217 млн. руб., фактически по состоянию на 23.04.2008 поступило 392 млн. руб.

Отсутствие полной информации о налоговой базе и состоянии расчетов по всем видам налогов по плательщику в целом в налоговых органах по месту администрирования плательщика и по месту его фактического нахождения, несогласованность действий налоговых органов вызывают значительные затруднения не только в работе налоговых органов, но и работе местных органов исполнительной власти. Так территориальные налоговые органы участвуют в работе над составлением проекта консолидированного бюджета субъекта федерации и предоставляют ожидаемую оценку поступлений по видам доходов в разрезе муниципальных образований. Территориальные налоговые органы составляют прогноз только по перечню плательщиков состоящих на налоговом учете в налоговых органах округа. По плательщикам, состоящим на учете в МИ по КН №1 и в МИ по КН 2 данный прогноз может быть составлен только указанными инспекциями. [18]