Становление казначейской системы происходит уже в течение длительного периода времени. Этот процесс сопровождается рядом трудностей. Он затрагивает интересы многих государственных структур и имеет не только сторонников, но и противников.

Роль Федерального казначейства в бюджетном процессе довольно значительна, так как на него возложено исполнение бюджета, а так же осуществляет управления доходами и расходами федерального бюджета и иными централизованными финансовыми ресурсами, находящимися в ведении Правительства, распоряжение средствами, числящимися на соответствующих счетах в банках.

Органы казначейства представляют интересы государства и тем самым ставят под контроль деятельность других участников бюджетного процесса. Главные распорядители бюджетных средств утрачивают возможность управлять финансовыми потоками и сохраняют за собой лишь ограниченные права, связанные с распределением лимитов ассигнований о подведомственным получателям. Усиливается контроль над движением бюджетных средств на банковских счетах, счета федерального бюджета изымаются из коммерческих банков. Территориальные органы казначейства контролируют эффективность и целевое использование финансовых ресурсов на уровне отдельных бюджетополучателей. Ограничиваются права региональных органов власти по определению направлений использования средств федерального бюджета, полученных в форме дотаций, трансфертов, кредитов и займов, и др.

Федеральное казначейство организует исполнение и исполняет федеральный бюджет, а при наличии соответствующих соглашений - также бюджеты субъектов Российской Федерации и местные бюджеты. Оно осуществляет операции со средствами бюджета, открывает и закрывает счета для зачисления и выдачи бюджетных средств в Центральном банке и уполномоченных кредитных организациях, ведет лицевые счета распорядителей средств и бюджетополучателей. Казначейство ведет сводный реестр главных распорядителей, распорядителей и получателей средств федерального бюджета, оно осуществляет регистрацию бюджетных учреждений, деятельность которых финансируется из бюджетных средств. При выявлении нарушений оно направляет распорядителям средств, бюджетополучателям и банковским учреждениям представления с требованием об их устранении, обеспечивает контроль за выполнением этих требований. Казначейство обладает правом приостанавливать операции по лицевым счетам распорядителей и получателей бюджетных средств, взыскивать в бесспорном порядке средства, используемые не по целевому назначению. В пределах своей компетенции оно может налагать штрафы.

Исполнение федерального бюджета осуществляется органами казначейство на счетах, открытых для учета доходов и средств в Центральном банке и его учреждениях (главных управлениях, расчетно-кассовых центрах). Право открытия и закрытия счетов федерального бюджета, определения их режима принадлежит Федеральному казначейству; открывать или закрывать бюджетные счета без соответствующего его решения нельзя.

Основным принципом исполнения бюджета является принцип единства кассы. Он означает зачисление всех доходов и поступлений из источников финансирования дефицит бюджета на единый бюджетный счет и осуществление всех предусмотренных расходов с единого счета. Соблюдение данного принципа необходимо для обеспечения единства бюджетной системы, сглаживания неравномерности поступления доходов в бюджет как по времени, так и по территориям. В России бюджеты всех уровней бюджетной системы исполняются на основе принципа единства кассы.

Все операции и средства бюджета отражаются в системе балансовых счетов Федерального казначейства. Осуществлять какие-либо операции с бюджетными средствами, минуя систему балансовых счетов казначейства, запрещено. Казначейство несет ответственность за правильность исполнения федерального бюджета, ведение счетов и управление бюджетными средствами, полноту и своевременность зачисления средств на счета получателей. Оно отвечает за своевременность представления отчетов и других сведений, связанных с исполнением бюджета, осуществление контроля за соблюдением бюджетного законодательства. В сферу ответственности казначейства входит также финансирование расходов, не включенных в бюджетную роспись, а также финансирование расходов сверх утвержденных лимитов бюджетных обязательств.