Основная задача реорганизации банковской системы сводилась к проведению прогрессивной кредитной политики, повышению эффективности всей кредитной системы. Однако, как показала дальнейшая практика, такая реорганизация носила больше негативный, нежели позитивный характер, поскольку монополия трех банков (Госбанка, Стройбанка, Внешэкономбанка) по существу была заменена монополией вновь созданных, реорганизованных, специализированных банков.

Центральная, одноярусная структура банковской системы закрепляла сферу влияния банков по ведомственному принципу. Предприятия, как и прежде, закреплялись за банками и не имели права выбора в получении кредитных ресурсов. Резко возросли издержки обращения банков в связи с увеличением банковского аппарата, ростом его заработной платы и организованных расходов.

Госбанк занимался только распределением ресурсов на верхнем уровне, не имея возможности воздействовать на выполнение кредитных планов. Каждый банк реализовал самостоятельные кредитные планы, используя административные методы управления. Так, распределяли свои ресурсы на вертикали между своими учреждениями, не обращая внимания на выгодность помещения средств, и осуществляли простое финансовое обслуживание и субсидирование предприятий.

Монопольное положение спецбанков и централизованное закрепление ресурсов не позволяло вести торговлю деньгами или создавать денежные рынки. Кроме того, банки стали вводить искусственные поборы с предприятий и населения за обычные банковские услуги. В результате этого кредитные и денежные ресурсы продолжали выполнять пассивную роль и не могли рационально воздействовать на ход экономического развития.

В качестве позитивных мер банковской реорганизации 1987 г. можно назвать упорядочение безналичных расчетов, прекращение кредитования убытков, сверхплановых запасов товарно-материальных ценностей, а также выдачи кредитов на восполнение утраченных собственных оборотных средств, приостановление изъятия излишних кредитных средств из хозяйственного оборота и замену их собственными ресурсами предприятий. В результате этих мероприятий были высвобождены кредитные ресурсы на сумму свыше 75 млрд. руб. Однако такие позитивные меры существенно нивелировались отрицательными последствиями банковской реформы.

Как ответ на негативные последствия банковской реформы в 1988-1989 гг. стали создаваться коммерческие и кооперативные банки в основном на базе денежных накоплений различных отраслей промышленности. В течение первого периода 1988-1989 гг. было создано около 150 коммерческих и кооперативных банков. Начала вырисовываться новая двухъярусная структура банковской системы: Госбанк и специализированные банки - первый ярус, коммерческие и кооперативные банки - второй ярус.

В середине 1990 г. в связи с объявлением правительством программы перехода к рынку стало очевидным, что банковская система нуждается в дальнейшей реорганизации. В частности, в правительственной программе отмечалась необходимость создания эффективной двухъярусной банковской системы, состоящей из Государственного банка и коммерческих банков, в которые должны быть преобразованы также созданные 1987 г. специализированные банки.

Наряду с этой программой исполнительные и законодательные органы страны рассматривали альтернативную программу перехода к рынку - «500 дней», предлагавшую создать трехъярусную банковскую систему, которая помимо Госбанка и коммерческих банков дополнялась сетью специализированных кредитно-финансовых учреждений в лице страховых компаний, земельных банков, инвестиционных фондов, кредитных товариществ, пенсионных фондов, брокерских и лизинговых компаний. Программа «500 дней» расширяла количество будущих субъектов рынка капитала за счет перспективного создания специализированных кредитных учреждений, однако по существу неправильно подменяла понятие «кредитная система» понятием «банковская система». Первое понятие шире, чем второе, которое ограничивается только банками. Кроме того, в программе оставалось понятие «ссудного фонда», тогда как в условиях рынка необходима его замена на «рынок капитала».