Выездная налоговая проверка начинается с ознакомления с учредительными документами, определяющими правовой статус юридического лица. В учредительных документах определены его наименование, место нахождения, порядок управления деятельностью, предмет и виды хозяйственной деятельности.

Помимо учредительных документов, знакомятся с утвержденным руководителем организации приказом по учетной политике, определяющим способы и порядок ведения бухгалтерского учета и отражения хозяйственных операций в соответствующих учетных регистрах.

В ходе документальной проверки изучается принятая в организации система и условия оплаты труда, зафиксированные в соответствующих положениях, коллективных и индивидуальных договорах и контрактах, заключаемых с работниками в соответствии с нормами трудового законодательства.

При проверке знакомятся с действующей системой поощрения и закрепления работников, предоставления или оплаты за счет средств организации различного рода социальных и материальных благ, стоимость которых подлежит включению в совокупный доход физических лиц (оплата питания, приобретения проездных билетов, обучения в высших учебных заведениях, вручение подарков к праздничным и юбилейным датам, оплата проезда к месту проведения отпуска и обратно т.п.).

При проверке достоверности и полноты налогового учета используются следующие источники информации:

- приказы и распоряжения о приеме на работу;

- расчетно-платежные ведомости;

- налоговые карточки;

- данные синтетического учета по счету № 70 "Расчеты с персоналом по оплате труда";

- учетные регистры, отражающие выплаты по договорам гражданско-правового характера (договор подряда, возмездного оказания услуг и выполнения работ, аренды, поручения, комиссии, агентские, доверительного управления, уступки права требования, купли - продажи, договора займа, долевого участия в строительстве и т.д.), если одной из сторон по таким договорам выступает физическое лицо, получающее от проверяемой организации доходы в денежной или натуральной форме, а также в виде материальной выгоды;

- документы (заверенные копии документов), подтверждающие право на стандартные налоговые вычеты из налогооблагаемого дохода (на работника, его детей и иждивенцев), на освобождение от уплаты налога у источника получения дохода в связи с постановкой на налоговый учет в налоговом органе (например, на основании свидетельства о государственной регистрации предпринимателя), согласно нормам международных договоров и соглашений;

- документы, подтверждающие расходы физических лиц по операциям купли - продажи ценных бумаг, если они принимались к зачету источником выплаты дохода;

- данные платежных документов на перечисление платежей по налогу на доходы физических лиц с данными, имеющимися в налоговом органе.

При проверке обоснованности списания с подотчетных лиц сумм, включая выданные на служебные командировки, следует иметь в виду, что в такие поездки на основании распоряжения руководителя проверяемой организации могут направляться только работники данной организации (основные и совместители), состоящие с ней в трудовых отношениях.

При проверке проверяется наличие списка работников организации, которым могут выдаваться в подотчет наличные деньги. Список должен быть утвержден приказом (распоряжением) руководителя. В список включаются только постоянно работающие лица, в том числе на условиях совместительства, либо выполняющие работы по договорам подряда.