Недостатки метода окупаемости заключаются в следующем:

Во-первых, он не учитывает доходы (поступления), которые получит фирма после завершения экономически оправданного срока окупаемости. Поэтому при использовании этого метода как инструмента для принятия управленческих решений не учитываются другие возможные варианты, рассчитанные на более длительный срок окупаемости и требующие больших капитальных вложений. В учет принимаются лишь те проекты, которые обеспечивают быстрый возврат инвестиций. Данный недостаток, как отмечено выше, можно устранить, если руководство фирмы будет располагать информацией об общей продолжительности использования инвестиционного проекта.

Во-вторых, существенный недостаток состоит в том, что при использовании метода окупаемости не учитывается фактор времени, т.е. временной аспект стоимости денег, при котором доходы и расходы, связанные с использованием инвестиционного проекта, приводятся к сопоставимости с помощью дисконтирования. Для решения этой проблемы может быть рекомендован метод определения срока окупаемости инвестиций с учетом их дисконтирования.

В третьих, еще один и, пожалуй, главный недостаток метода оценки эффективности инвестиционных проектов, исходя из срока их окупаемости состоит в субъективности подхода руководителей фирм или инвесторов к определению экономически оправданного периода окупаемости инвестиционного проекта. Один из инвесторов может потребовать установить экономически оправданный срок окупаемости инвестиционного проекта в пять лет; другой - сочтет целесообразным выделить финансовые ресурсы на реализацию инвестиционного проекта лишь в том случае, если срок его окупаемости не превысит трех лет.

Считается, что изложенный подход к определению главного критериального показателя - экономически оправданного срока окупаемости инвестиционного проекта - может привести к реализации не самых эффективных из множества инвестиционных проектов.

Чтобы избежать ошибок при выборе инвестиционного проекта, наряду с методом, основанном на расчете срока окупаемости инвестиций, целесообразно применять метод определения нормы прибыли на капитал.

Необходимо отметить, что, несмотря на отмеченные недостатки, метод окупаемости в экономических исследованиях эффективности инвестиций получил широкое распространение в западноевропейских странах и США. Так, например, по данным Дерил Норткотт около 41% респондентов, опрошенных в ходе обследования, ответили, что они использовали метод окупаемости в качестве вспомогательного инструмента оценки эффективности инвестиций. Это позволило авторам сделать вывод, что метод окупаемости является самым популярным среди методов без дисконтирования денежных потоков.