Структуру и штатное расписание аппарата Счетной палаты утверждает Коллегия Счетной палаты по представлению Председателя Счетной палаты в пределах средств на содержание Счетной палаты.

Счётная палата РФ состоит из коллегии и аппарата. Коллегия рассматривает вопросы организации работы, а также отчёты и сообщения. Председатель (а в его отсутствие - его заместитель) осуществляет руководство Счётной палатой, организует её работу, аудиторы возглавляют определённые направления деятельности. Аппарат состоит из инспекторов (которые непосредственно организуют и проводят контроль) и других штатных работников.

Таким образом, Счётная Палата Российской Федерации формируется законодательной и исполнительной властью, к кандидатам в состав Счётной Палаты выдвинуты определенные требования. Это говорит о важности данного органа в структуре публичной власти в РФ.