В целом внебюджетные фонды можно классифицировать по функциональному назначению и уровням управления.

В зависимости от функционального назначения внебюджетные фонды подразделяются на фонды экономического, социального и природоохранного характера.

В соответствии с уровнем управления различают внебюджетные фонды общегосударственного и регионального значения. Из внебюджетных фондов федерального уровня выделяется часть средств, передаваемая в распоряжение территории. Вопросы непосредственной организации и функционирования внебюджетных фондов находятся в компетенции органов власти соответствующего уровня. Целевое назначение, порядок формирования и использования средств внебюджетных фондов оформляются законодательно.

Конкретное направление расходования средств внебюджетных фондов обусловлено назначением фондов, экономическими условиями, содержанием целевых программ. Часть временно свободных денежных средств внебюджетных фондов может направляться в инвестиции, на вложения в ценные бумаги, учредительную деятельность и т. п., совокупные доходы от которых служат дополнительными финансовыми источниками внебюджетных фондов. Оперативное управления внебюджетными фондами осуществляется специально созданным административным аппаратом, имеющим соответствующие права и обязанности.