Законодательством не регламентированы сроки проведения экспертизы, а также ее влияние на срок выездной налоговой проверки, установленный ст.89 НК РФ.

Помимо экспертов содействие в выездных налоговых проверках может оказать специалист, обладающий необходимыми знаниями и навыками, не заинтересованный в исходе дела. Статьями 92 и 97 НК РФ предусмотрено, что специалист может при налоговой проверке принимать участие в осмотре территории и помещений налогоплательщика, а также документов и предметов и их выемке.

Из изложенного следует, что различие между экспертом и специалистом заключается в том, что эксперт привлекается для получения заключения по конкретным вопросам, а специалист - для совершения определенных действий, облегчающих работу проверяющих и не требующих письменного заключения.

Согласно ст.92 НК РФ должностное лицо налогового органа, проводящее выездную налоговую проверку, вправе в целях выяснения обстоятельств, имеющих значение для полноты проверки, проводить осмотр территории и помещений проверяемого налогоплательщика, а также документов и предметов.

Недостаточная четкость изложения данной нормы приводит к тому, что налогоплательщики требуют от проверяющих изучать все документы, представленные для проверки, с соблюдением процедуры, предусмотренной ст.92 НК РФ. Эта точка зрения представляется неправильной и не поддерживается арбитражными судами, однако в законодательстве нет ответа, в каких случаях осмотр документов должен проводиться с соблюдением соответствующей процедуры.

Результаты выездной налоговой проверки оформляются актом не позднее двух месяцев после составления справки о проведенной проверке уполномоченными должностными лицами налогового органа. Акт проверки подписывается этими лицами и руководителем проверяемой организации, либо индивидуальным предпринимателем, либо их представителями. В акте проверки излагаются выявленные, документально подтвержденные факты налоговых правонарушений (или указывается на их отсутствие), а также выводы и предложения проверяющих по устранению выявленных правонарушений и ссылки на статьи НК РФ, предусматривающие ответственность за данный вид налоговых правонарушений. Акт налоговой проверки вручается налогоплательщику, который может представить в налоговый орган возражения в целом или по отдельным положениям акта или письменное объяснение мотивов отказа подписать акт, сопроводив свои возражения документами, подтверждающими высказанные доводы.